Freak the Mighty ist die Geschichte von Max Kane, einem Siebtklässler, der seinem Vater insofern nachgeht, als er sehr groß ist. Obwohl Max so groß wie ein Erwachsener aussieht, hat er Probleme in der Schule und hat Schwierigkeiten, jede Klasse zu bestehen. Er hat eine nicht diagnostizierte Lernschwäche, verbunden mit einem Trauma, weil er seine Mutter in jungen Jahren durch Gewalt verloren hat. Als Max jedoch Kevin "Freak" Avery trifft, beginnt sich sein Leben zu verändern.
Kevin, mit dem Spitznamen Freak, ist für sein Alter extrem klein und in der 7. Klasse nur etwa einen Meter groß. Er leidet an einer seltenen genetischen Störung, die das Gehen erschwert, und er hat Beinstützen und Krücken. Trotz seiner Größe ist Freak sehr gut gelesen und verfügt über einen erstaunlichen Wortschatz. Freak scheint alles über alles zu wissen! Er liebt besonders Literatur und Abenteuergeschichten wie die über "King Arthur". Beide Jungen haben Schwierigkeiten, sich in der Welt der Mittelschule zurechtzufinden, und schließen eine unwahrscheinliche Freundschaft.
Max und Freak bilden eine enge Verbindung und erleben gemeinsam viele Abenteuer. Max trägt Freak oft auf seinen Schultern, was ihnen den Spitznamen "Freak the Mighty" einbringt, weil sie zusammen nicht aufzuhalten sind. Sie überlisten Mobber und besuchen alle ihre Klassen zusammen mit Freak, um Max endlich zu helfen, lesen und schreiben zu lernen. Freak sagt Max, dass er eines Tages einen "bionischen" Körper bekommen wird, um bei seinem Zustand zu helfen. Eines der Abenteuer von Max und Freak führt sie zum Haus von Iggy und Loretta Lee, zwei Ex-Kriminellen, die Freak (und dem Leser) zum ersten Mal verraten, dass Max 'Vater Kenny "Killer" Kane ist und wegen Mordes im Gefängnis sitzt.
Max 'Vater hat seine Mutter getötet, als Max erst vier Jahre alt war. Kane ist seitdem im Gefängnis, muss aber trotz der Proteste von Max 'Großeltern auf Bewährung. Eines Nachts, während Max schläft, entführt Kane ihn und zwingt ihn, mit ihm in einer Reihe heruntergekommener Mietshäuser zu Iggy und Lorettas Wohnhaus zu kommen. Kane fesselt seinen Sohn und erzählt ihm, dass er all die Jahre zu Unrecht inhaftiert war und nie jemanden ermordet hat. Als Max seinem Vater sagt, dass er weiß, dass er seine Mutter getötet hat, dass er sich lebhaft daran erinnert, wird Kane wütend. Kane ist im Begriff, sowohl Max als auch Loretta zu töten, die versucht haben, ihm zu Hilfe zu kommen. In einer schockierenden Wendung kracht Freak durch das Fenster und kommt gerade noch rechtzeitig zur Rettung, indem er Kenny mit einer Wasserpistole überlistet!
Die Polizei kommt und Max 'Vater wird ins Gefängnis zurückgeschickt. Ihre Erleichterung ist jedoch nur von kurzer Dauer, als Freak kurze Zeit später einen Anfall erleidet und ins Krankenhaus gebracht wird. Im Krankenhaus erfährt Max, dass Freaks Geschichte über einen "bionischen" Körper genau das war - eine Geschichte. Er wusste, dass er seinen Zustand, der als Morquio-Syndrom bezeichnet wird, nicht überleben würde, wollte Max aber etwas geben, auf das er hoffen konnte. Bevor Freak stirbt, gibt er Max ein leeres Notizbuch, in dem er ihm sagt, er solle über all ihre gemeinsamen Abenteuer schreiben.
Max nimmt Freaks Pass sehr schwer. Er ist ungefähr ein Jahr lang depressiv, bevor er endlich den Mut aufbringt, das leere Notizbuch, das Freak ihm gegeben hat, herauszunehmen und mit dem Schreiben zu beginnen. Hier merkt der Leser, dass das Buch, das wir gelesen haben, genau das ist: Max kanalisiert endlich seinen Kummer, um über seine und Freaks "unbesiegte" Freundschaft und ihre epischen Abenteuer zu schreiben.
