Mary Lennoxot, egy díszes, nem tetsző gyereket, nagybátyjához, Mr. Cravenhez, Misselthwaite Manorba küldik. Egy Martha nevű fiatal háziasszony laza gondozása alá kerül. Először Mary folytatja kellemetlen karakterét, de miután egy kis időt töltött a birtok kertjében, megváltozni kezd. Mary megtanul kíváncsiskodni és játszani a kertekben, összebarátkozva Ben Weatherstaff, kertész és vörös vörösbegy.
Martha történeteket oszt meg Maryvel nagycsaládjáról, akik egy házikóban élnek. Mary szereti Martha történeteit, és különösen szereti édesanyját, Mrs. Sowerby -t, és Dickont, egy tizenkét éves fiút, aki összebarátkozik az élővilággal.
Mária egy tíz évre bezárt kertről is értesül; Craven úr és felesége imádták a kertet, és órákat töltöttek benne. Amikor meghalt, Mr. Craven bezárta, és eltemette a kulcsot. Mary nagyon kíváncsi a titkos kertre, és a vörösbegy segítségével megtalálja a kulcsot és a rejtett ajtót. Bent Mary titokban gyomlálni kezd, remélve, hogy a rózsák tíz év elhagyás után is élnek.
Egy este a Yorkshire -kastélyban Mary hallja, hogy valaki sír. Felfedezi Colin Craven-t, egy rosszindulatú tízéves fiút, aki azt hiszi, hogy meg fog halni. Colin és Mary sokat kijönnek a ház többi tagjának meglepetésére. Ők ketten együtt esznek, könyveket olvasnak, és mesélnek a titkos kertről és Dickonról.
Miután megosztotta Colinnal a titkos kert történetét, úgy döntenek, hogy ő kimerészkedik, és Dickon lesz a kísérője. Ettől kezdve Colin, Mary és Dickon minden nap meglátogatják a titkos kertet, és még az öreg Ben Weatherstaffot is beengedik a titkukba. Colin kísérletezik a Mágiával és először áll, majd sétál, és végül képes futni és gyakorolni, mint egy rendes fiú. Ezeket az új képességeket titokban tartja a szolgák és Dr. Craven előtt, amíg magát az apját nem tudja meglepni.
