Puošnus, nemėgstamas vaikas Mary Lennox yra išsiųstas gyventi pas savo dėdę P. Craveną į Miseltvaito dvarą. Ji yra laisvai prižiūrima jaunos kambarinės, vardu Marta. Iš pradžių Marija tęsia savo nemalonų charakterį, tačiau, kurį laiką praleidusi dvaro soduose, ji pradeda keistis. Marija išmoksta būti smalsi ir žaisti soduose, susidraugaudama su sodininku Benu Weatherstaffu ir raudonplaukiu.
Marta su Marija dalijasi istorijomis apie savo didelę šeimą, gyvenančią kotedže. Marijai patinka Mortos istorijos ir ji ypač mėgsta savo mamą ponią Sowerby ir Dikoną, dvylikos metų berniuką, kuris susidraugauja su laukine gamta.
Marija taip pat sužino apie sodą, kuris buvo uždarytas dešimt metų; J. Cravenas ir jo žmona mylėjo sodą ir jame praleisdavo valandas. Kai ji mirė, J. Cravenas ją užrakino ir raktą palaidojo. Marijai labai įdomu slaptas sodas ir padedama raudonplaukės ji randa raktą ir paslėptas duris. Viduje Marija slapta pradeda ravėti, tikėdamasi, kad rožės dar bus gyvos po dešimties metų apleidimo.
Vieną naktį Jorkšyro dvare Marija girdi, kaip kažkas verkia. Ji atranda Coliną Craveną, blogai nusiteikusį dešimties metų berniuką, kuris mano, kad mirs. Kolinas ir Marija labai sutaria, nustebindami visus kitus namuose. Jiedu valgo kartu, skaito knygas ir dalijasi slapto sodo ir Dikono istorijomis.
Pasidalinus paslaptingo sodo istorija su Colinu, nusprendžiama, kad jis išeis ir Dikonas bus jo palyda. Nuo tada Kolinas, Marija ir Dikonas kiekvieną dieną lanko slaptąjį sodą ir netgi leidžia senajam Benui Weatherstaffui atskleisti savo paslaptį. Colinas eksperimentuoja su „Magic“ ir pirmiausia stovi, tada vaikšto ir galiausiai gali bėgti ir mankštintis kaip eilinis berniukas. Šiuos naujus sugebėjimus jis slepia nuo tarnų ir daktaro Craveno, kol nesugeba nustebinti savo tėvo.
