Freak the Mighty é a história de Max Kane, um aluno do sétimo ano que segue seu pai por ele ser muito grande em estatura. Apesar de parecer do tamanho de um adulto, Max tem problemas na escola e tem dificuldade para passar em todas as séries. Ele tem uma deficiência de aprendizagem não diagnosticada juntamente com o trauma da perda de sua mãe devido à violência em uma idade jovem. No entanto, quando Max conhece Kevin "Freak" Avery, sua vida começa a mudar.
Kevin, apelidado de Freak, é extremamente pequeno para sua idade, com apenas cerca de um metro de altura na 7ª série. Ele sofre de uma rara doença genética que o torna difícil para andar e ele usa aparelho ortopédico e muletas. No entanto, apesar de seu tamanho, Freak é extremamente culto e tem um vocabulário impressionante. Freak parece saber tudo sobre tudo! Ele gosta especialmente de literatura e histórias de aventura, como aquelas sobre o "Rei Arthur". Os dois meninos têm dificuldade para navegar no mundo do ensino médio e iniciam uma amizade improvável.
Max e Freak formam um vínculo estreito e passam por muitas aventuras juntos. Max frequentemente carrega Freak nos ombros, o que lhes valeu o apelido de "Freak the Mighty" porque juntos são imparáveis. Eles superam os valentões e assistem a todas as aulas junto com Freak, ajudando Max finalmente a aprender a ler e escrever. Freak diz a Max que um dia ele receberá um corpo "Biônico" para ajudar com sua condição. Uma das aventuras de Max e Freak os leva à casa de Iggy e Loretta Lee, dois ex-criminosos que revelam a Freak (e ao leitor) pela primeira vez que o pai de Max é Kenny "Killer" Kane, e está preso por assassinato.
O pai de Max matou sua mãe quando Max tinha apenas quatro anos. Kane está na prisão desde então, mas está em liberdade condicional, apesar dos protestos dos avós de Max. Uma noite, enquanto Max está dormindo, Kane o sequestra e o força a ir com ele para o prédio de Iggy e Loretta em uma fileira de cortiços decadentes. Kane amarra seu filho dizendo-lhe que todos esses anos ele foi preso injustamente e que nunca matou ninguém. Quando Max diz a seu pai que sabe que matou sua mãe, que se lembra vividamente, Kane fica furioso. Kane está prestes a matar Max e Loretta, que tentaram ajudá-lo. Em uma reviravolta chocante, Freak atravessa a janela vindo em seu socorro bem a tempo, enganando Kenny com uma pistola d'água!
A polícia chega e o pai de Max é mandado de volta para a prisão. No entanto, o alívio deles dura pouco quando, pouco tempo depois, Freak sofre uma convulsão e é levado às pressas para o hospital. É no hospital que Max descobre que a história de Freak sobre um corpo "Biônico" era apenas isso - uma história. Ele sabia que não sobreviveria ao seu quadro, que se chama síndrome de Morquio, mas queria dar a Max um motivo de esperança. Antes de Freak morrer, ele dá a Max um caderno em branco dizendo-lhe para escrever sobre todas as suas aventuras juntos.
Max leva muito a sério a passagem de Freak. Ele fica deprimido por cerca de um ano antes de finalmente reunir coragem para pegar o caderno em branco que Freak deu a ele e começar a escrever. É aqui que o leitor percebe que o livro que estamos lendo é apenas isso: Max finalmente canalizando sua dor para escrever sobre a amizade "invencível" dele e de Freak e suas aventuras épicas.
