Mary Lennox, uma criança teimosa e desagradável, é enviada para viver com seu tio, o Sr. Craven, em Misselthwaite Manor. Ela é colocada sob os cuidados de uma jovem empregada doméstica chamada Martha. No início, Maria continua seu caráter desagradável, mas depois de passar algum tempo nos jardins da propriedade, ela começa a mudar. Mary aprende a ser curiosa e a brincar nos jardins, fazendo amizade com Ben Weatherstaff, um jardineiro e um tordo vermelho.
Martha compartilha histórias com Mary sobre sua grande família que vive em uma cabana. Mary gosta das histórias de Martha e gosta especialmente de sua mãe, a Sra. Sowerby, e de Dickon, um menino de 12 anos que faz amizade com a vida selvagem.
Maria também aprende sobre um jardim que está trancado há dez anos; O Sr. Craven e sua esposa adoravam o jardim e passavam horas dentro dele. Quando ela morreu, o Sr. Craven a trancou e a chave enterrada. Mary está bastante curiosa sobre o jardim secreto e com a ajuda do robin, ela encontra a chave e a porta escondida. Por dentro, Mary secretamente começa a arrancar ervas daninhas na esperança de que as rosas ainda estejam vivas após dez anos de abandono.
Uma noite, dentro da mansão de Yorkshire, Mary ouve o som de alguém chorando. Ela descobre Colin Craven, um menino mal-humorado de dez anos que acredita que vai morrer. Colin e Mary se dão muito bem para a surpresa de todos os outros na casa. Os dois comem juntos, lêem livros e compartilham histórias do jardim secreto e de Dickon.
Depois de compartilhar a história do jardim secreto com Colin, é decidido que ele se aventurará e Dickon será sua escolta. A partir de então, Colin, Mary e Dickon visitam o jardim secreto todos os dias e até contam o segredo do velho Ben Weatherstaff. Colin faz experiências com Magic e primeiro fica de pé, depois caminha e, finalmente, é capaz de correr e se exercitar como um menino normal. Ele mantém essas novas habilidades em segredo dos servos e do Dr. Craven, até que ele mesmo seja capaz de surpreender seu pai.
