Мэри Леннокс, злобный, неприятный ребенок, отправляется жить к своему дяде, мистеру Крейвену, в поместье Мисселтуэйт. Она находится под присмотром молодой горничной по имени Марта. Сначала Мэри продолжает свой неприятный характер, но, проведя некоторое время в садах поместья, она начинает меняться. Мэри учится быть любопытной и играть в саду, подружившись с Беном Уэтерстаффом, садовником и красной малиновкой.
Марта делится с Мэри историями о своей большой семье, живущей в коттедже. Мэри нравятся рассказы Марты, и особенно ей нравятся ее мать, миссис Сауерби, и Дикон, двенадцатилетний мальчик, который дружит с дикой природой.
Мэри также узнает о саду, который был заперт в течение десяти лет; Мистер Крейвен и его жена любили сад и часами проводили в нем. Когда она умерла, мистер Крейвен запер ее и закопал ключ. Мэри очень любопытен секретный сад, и с помощью малиновки она находит ключ и потайную дверь. Внутри Мэри тайно начинает прополку, надеясь, что розы останутся живы после десяти лет заброшенности.
Однажды ночью в особняке Йоркшира Мэри слышит чей-то плач. Она обнаруживает Колина Крэйвена, десятилетнего мальчика с раздражительным характером, который верит, что умрет. Колин и Мэри ладят, к удивлению всех в доме. Они вместе едят, читают книги и рассказывают истории о секретном саду и Диконе.
После того, как Колин поделился с Колином историей о секретном саду, было решено, что он решится выйти, а Дикон будет его сопровождать. С тех пор Колин, Мэри и Дикон каждый день посещают секретный сад и даже раскрывают свой секрет старому Бену Везерстаффу. Колин экспериментирует с Magic и сначала встает, затем ходит и, наконец, может бегать и тренироваться, как обычный мальчик. Он держит эти новые способности в секрете от слуг и доктора Крейвена, пока не сможет сам удивить своего отца.