Alışılmadık, sevimsiz bir çocuk olan Mary Lennox, Misselthwaite Malikanesi'nde amcası Bay Craven ile birlikte yaşamaya gönderilir. Martha adında genç bir hizmetçinin gevşek bakımı altına alınır. İlk başta Mary nahoş karakterini sürdürür, ancak mülkün bahçelerinde biraz zaman geçirdikten sonra değişmeye başlar. Mary meraklı olmayı ve bahçelerde oynamayı öğrenir ve Ben Weatherstaff, bir bahçıvan ve kırmızı bir kızılgerdanla arkadaş olur.
Martha, bir kulübede yaşayan geniş ailesi hakkında Mary ile hikayeler paylaşır. Mary, Martha'nın hikayelerini sever ve özellikle annesi Bayan Sowerby'ye ve vahşi yaşamla arkadaş olan on iki yaşındaki Dickon'a düşkündür.
Mary ayrıca on yıldır kilitli olan bir bahçeyi öğrenir; Bay Craven ve karısı bahçeyi severdi ve içinde saatler geçirirdi. O öldüğünde, Bay Craven onu kilitledi ve anahtarı gömdü. Mary gizli bahçeyi oldukça merak eder ve kızılgerdan yardımıyla anahtarı ve gizli kapıyı bulur. İçeride, Mary, on yıllık terk edildikten sonra güllerin hala hayatta kalacağını umarak gizlice ayıklayacaktır.
Bir gece, Yorkshire malikanesinin içinde Mary, birinin ağladığını duyar. Öleceğine inanan on yaşında huysuz bir çocuk olan Colin Craven'ı keşfeder. Colin ve Mary, evdeki diğer herkesi şaşırtacak kadar iyi geçinirler. İkisi birlikte yemek yer, kitap okur ve gizli bahçe ile Dickon'ın hikayelerini paylaşır.
Gizli bahçenin hikayesini Colin ile paylaştıktan sonra, onun dışarı çıkmasına ve Dickon'ın eskort olmasına karar verilir. O andan itibaren Colin, Mary ve Dickon her gün gizli bahçeyi ziyaret eder ve hatta yaşlı Ben Weatherstaff'ın sırlarını öğrenmesine izin verir. Colin Magic ile deneyler yapar ve önce ayağa kalkar, sonra yürür ve sonunda normal bir çocuk gibi koşabilir ve egzersiz yapabilir. Babasına sürpriz yapana kadar bu yeni yetenekleri hizmetçilerden ve Dr. Craven'dan bir sır olarak saklar.
