Gėlės Algernonui – tai jaudinanti istorija apie vyrą, vardu Čarlis, pasirinktą eksperimentui, kuris suteikia jam galimybę tapti „protingu“, jo giliausiu gyvenimo troškimu. Romane iškeliamos kelios svarbios temos ir klausimai, įskaitant eksperimentavimo su žmonėmis etiką, netinkamą elgesį su psichikos negalią turinčiais žmonėmis visuomenėje ir intelekto bei žmonių sąveikos ryšį.