Freak the Mighty er historien om Max Kane, en syvende klasse, der tager sig af sin far, idet han er meget stor i statur. På trods af at han ser ud som en voksen, har Max problemer i skolen og har svært ved at bestå hver klasse. Han har en udiagnostiseret indlæringsvanskelighed kombineret med traumer fra at miste sin mor til vold i en ung alder. Men når Max møder Kevin "Freak" Avery, begynder hans liv at ændre sig.
Kevin, med tilnavnet Freak, er ekstremt lille for sin alder og kun omkring tre meter høj i 7. klasse. Han lider af en sjælden genetisk lidelse, der gør det svært at gå, og han har benbøjler og krykker. På trods af sin størrelse er Freak imidlertid ekstremt læst og har et forbløffende ordforråd. Freak ser ud til at vide alt om alt! Han er især glad for litteratur og eventyrhistorier som dem om "King Arthur". Begge drenge har svært ved at navigere i mellemskolens verden og indgår et usandsynligt venskab.
Max og Freak danner et tæt bånd og går på mange eventyr sammen. Max bærer ofte Freak op på skuldrene, som tjener dem kaldenavnet "Freak the Mighty", fordi de sammen er ustoppelige. De overmaler mobbere og deltager i alle deres klasser sammen med Freak, der hjælper Max med at lære at læse og skrive. Freak fortæller Max, at han en dag vil få en "bionisk" krop til at hjælpe med hans tilstand. Et af Max og Freaks eventyr fører dem til hjemmet til Iggy og Loretta Lee, to ex-kriminelle, der for første gang afslører over for Freak (og læseren), at Maxs far er Kenny "Killer" Kane, og sidder i fængsel for mord.
Maxs far dræbte sin mor, da Max kun var fire år gammel. Kane har været i fængsel lige siden, men er paroleret på trods af protester fra Maxs bedsteforældre. En nat mens Max sover, kidnapper Kane ham og tvinger ham til at komme med ham til Iggy og Lorettas lejlighedsbygning i en række nedslidte lejemål. Kane binder sin søn sammen og fortæller ham, at han i alle disse år var uretfærdigt fængslet, og at han aldrig myrdede nogen. Da Max fortæller sin far, at han ved, at han dræbte sin mor, og at han husker det levende, bliver Kane raseri. Kane er ved at dræbe både Max og Loretta, som forsøgte at komme ham til hjælp. I et chokerende twist krasjer Freak gennem vinduet, der kommer til undsætning lige i tide ved at overliste Kenny med en vandpistol!
Politiet ankommer, og Maxs far sendes tilbage i fængsel. Imidlertid er deres lettelse kortvarig, da Freak kort tid senere får et anfald og kaster sig til hospitalet. Det er på hospitalet, at Max lærer, at Freaks historie om en "bionisk" krop var netop det - en historie. Han vidste, at han ikke ville overleve sin tilstand, der kaldes Morquio syndrom, men ønskede at give Max noget at håbe på. Før Freak dør, giver han Max en tom notesbog, der fortæller ham at skrive om alle deres eventyr sammen.
Max tager Freaks aflevering meget hårdt. Han er deprimeret i ca. et år, før han endelig tilkalder modet til at tage den tomme notesbog ud, som Freak gav ham og begynde at skrive. Det er her, når læseren indser, at den bog, vi har læst, er netop det: Max kanaliserer endelig sin sorg til at skrive om hans og Freaks "uovervindede" venskab og deres episke eventyr.
