Romaani on jaettu neljään eri osaan: Oton tarina 1800-luvun lopulla Saksassa; Friedrichin tarina vuonna 1933 Saksassa; Miken tarina vuonna 1935 Pennsylvaniassa; ja Ivyn tarina vuonna 1942 Etelä-Kaliforniassa.
Kaiku alkaa nuoresta pojasta nimeltä Otto, joka leikkii piilosta Schwarzwaldissa Saksassa 1800-luvun lopulla. Kirjoittaja kertoo meille, että on 50 vuotta ennen "sotaa kaikkien sotien lopettamiseksi" eli ensimmäisen maailmansodan alkamista. Otto piiloutui ystävältään Mathildelta, johon hän on ihastunut. Hän osti sinä päivänä kirjan ja huuliharppu matkustavalta naiselta. Hän kyllästyi odottaessaan löytäjäänsä, istuutui alas ja alkoi lukea. Kirja oli satu nimeltä "Otto Messengerin 13. huuliharppu". Hän oli kiinnostunut kirjasta, koska nimi sisälsi hänen nimensä.
Kirja kuvasi kuningasta ja kuningatarta, jotka kaipasivat lasten valtaistuimen perillisiä. Kun kuningatar kuitenkin synnytti tytön, kauhea ja välinpitämätön kuningas oli vihainen. Vain poika saattoi olla valtaistuimen perillinen, joten hän piti tytärtä hyödyttömänä. Hän pakotti kätiön salaa ottamaan lapsen pois ja kertoi järkyttyneelle kuningattarelle, että vauva oli kuollut synnytykseen.
Kätilö oli ystävällinen ja välittävä nainen. Sen sijaan, että jättäisi avuttoman lapsen susille, kuten kuningas oli neuvonut, hän vei vauvan serkkulleen, metsässä asuneelle noidalle. Kätilö tiesi, että noita ei kykenisi olemaan paras äiti, mutta hänen mielestään se oli paljon parempi kuin jättää lapsi kuolemaan metsään. Kätilö antoi pienelle vauvalle erityisen siunauksen ennen lähtöä. Hän sanoi: "Kohtosi ei ole vielä sinetöity. Pimeimmässäkin yössä tähti loistaa, kello soi, polku paljastuu."
Kuningatar synnytti vielä kaksi kertaa kahden vuoden välein. Joka kerta se oli tytär ja kuninkaan vastaus oli sama. Joka kerta kätilö teki sen, mitä hän piti oikeana: uskoi vauvat noidalle ja antoi heille erityisen siunauksen. Noita kutsui heitä sydämettömästi Einsiksi, Zweiksi ja Dreiiksi (yksi, kaksi, kolme).
Otto oli niin innostunut lukemisesta, että kun hän katsoi ylös kirjasta, hän tajusi eksyneensä metsään. Yrittäessään löytää tiensä hän tapasi kolme tyttöä. He olivat Eins, Zwei ja Drei! Kun hän sanoi, että heidän on oltava hänen kirjansa tyttöjä, he pyysivät häntä jatkamaan heidän tarinansa lukemista.
Se jatkui, kun kuningatar lopulta synnytti pojan, kun taas Eins, Zwei ja Drei jätettiin palvelemaan noitaa syvällä metsässä työelämässä. Kuningas oli pojan syntymästä iloinen ja ilmoitti vauvan esikoislapsekseen, valtaistuimen perilliseksi. Muutaman vuoden kuluttua julma kuningas kuoli ja kätilö lopulta rikkoi hiljaisuuden kolmesta sisaruksesta metsässä kertomalla nuorelle kruununprinssille ja hänen äidilleen, kuningattarelle. He halusivat nähdä tytöt ja tuoda heidät kotiin minne he kuuluivat. Kätilö meni hakemaan heidät tuodakseen ne takaisin äidilleen ja veljelleen. Mutta itsekäs noita ei halunnut menettää palvelijoitaan. Hän heitti ilkeästi kirouksen vangitakseen Einsin, Zwein ja Drein ja estääkseen heitä lähtemästä metsästä ikuisesti! Kirous sanoi: "Saansaattaja toi sinut. Yhden ja saman täytyy tuoda sinut ulos. Et saa lähteä maallisessa muodossa. Henkesi puupuhaltimeen syntynyt. Pelastat sielun Kuoleman tumma ovi, tai täällä sinä kuolet yhä enemmän."
Tässä vaiheessa "The 13th Harmonica of Otto Messenger" päättyy ja jäljelle jää vain tyhjät sivut. Eins, Zwei ja Drei vahvistivat, että tarina on totta ja että he olivat todellakin olleet loukussa metsässä noidan kirouksen jälkeen. He uskovat, että Otton huuliharppu oli avain heidän pelastukseensa. He molemmat soittavat musiikkia huuliharppulla ja täyttävät siihen energiaansa. Sitten he auttoivat Ottoa turvaan. Hänen kiihkeät vanhempansa löytävät hänet etsittyään häntä tuntikausia. Vaikka Otto pääsi pois metsästä turvallisesti, hän oli surullinen, ettei kukaan uskonut hänen tarinaansa. Vain Mathilde uskoi häntä. Jonkin ajan kuluttua hän lakkasi kertomasta Einsin, Zwein ja Drein tarinaa vanhemmilleen miellyttääkseen ja jätti kirjan ja huuliharppunsa pois useiksi vuosiksi.
Friedrich Schmidt syntyi syntymämerkillä, joka peittää puolet hänen kasvoistaan. Vaikka Friedrichin rakastava isä Martin rohkaisi hänen luovuuttaan ja rauhoitti häntä, Friedrichin harhaan joutuneet ikätoverit kohtelivat häntä kauheasti hänen ulkonäöstään. Säästääkseen Friedrichin heidän kidutuksistaan Martin antoi hänelle kotiopetuksen. Hän toi myös Friedrichin harjoittelijaksi Trossingenin huuliharpputehtaalle. Martin ja hänen veljensä, Friedrichin iloinen Gunter-setä, työskentelivät siellä. Tehtaan työntekijät olivat ystävällisiä ja Friedrich kukoisti huuliharppunsa valmistuksessa, opinnoissaan ja musiikissaan. Kuitenkin vuonna 1933 asiat olivat nopeasti muuttumassa huonompaan suuntaan Saksassa Hitlerin valtaannousun myötä.
Friedrich rakasti musiikkia ja haaveili tulla jonakin päivänä suureksi kapellimestariksi. Hän saattoi aina kuulla musiikin soivan mielessään. Tämä oli hänelle lohtua ja iloa. Mutta kun hän johti näkymätöntä orkesteria villisti, hän sai ikätovereidensa pilkan. Eräänä päivänä Friedrich kuuli huuliharppua kutsuvan häntä hylätystä työtilasta. Hänen setänsä Gunter oli opettanut hänet soittamaan huuliharppua ja Friedrich saattoi kertoa, että tämä oli erityinen. Siinä oli punainen M-kirjain. Kaikki, jotka kuulivat Friedrichin soittavan huuliharppua, olivat yhtä mieltä siitä, että sillä oli erityisen epätavallinen sävy. Joka kerta kun hän soitti sitä, hän oli täynnä voimaantumisen ja itseluottamuksen tunnetta.
Friedrich soitti myös selloa kuten hänen isänsä, joka esiintyi sinfoniaorkesterissa. Hänen sisarensa Elisabeth soitti pianoa, ja perhe sidotti musiikkia, soittaen usein yhdessä. Vaikka Elisabeth opiskeli sairaanhoitajaksi, hän aivopestyi Hitlerin ideologiasta, isänsä suureksi tyrmistykseksi. Friedrichin isä ilmaisi suorasukaisen vastustavansa Hitlerin kiihkoilevaa, barbaarista politiikkaa. Tämän vuoksi natsien ruskeapaidat pidättivät Martinin ja lähetettiin Dachaun keskitysleirille! Dauchaun ihmisiä kidutettiin ja he työskentelivät kuolemaan asti. Friedrich ja Gunter-setä tekivät salaisen suunnitelman saada hänet ulos ja jopa uhannut pyytää "hitleriläiseltä" Elisabetilta apua isänsä pelastamiseen. Yllättäen Elisabeth tuli läpi ja lähetti salaa Friedrichille ja Gunterille tarpeeksi rahaa lahjoakseen Dachaun vartijoita ja turvatakseen heidän isänsä vapauttamisen. Friedrich tiesi, ettei hän voinut ottaa mitään arvokasta tehtäväänsä pelastaa isänsä. Hän asetti arvostetun huuliharppunsa laatikkoon Trossingenin huuliharpputehtaalla toimitettavaksi asiakkaille jonnekin päin maailmaa. Kaikki oli kuitenkin paikallaan hänen pakenemiseensa, mutta kun Friedrich nousi Dachauhun vievään junaan, natsisotilaat huomasivat hänet! Kun he yrittivät pidättää hänet, Friedrich kuuli mielessään kaunista musiikkia. Hän alkoi johtaa kuvitteellista orkesteriaan villisti! Tässä kirjailija jättää lukijan roikkumaan jännityksessä.
Mike Flannery ja hänen pikkuveljensä Frankie asuivat Bishopin orpokodissa vuonna 1935, aivan Philadelphian ulkopuolella. Heillä oli rakastava äiti, joka kuoli heidän ollessaan nuoria. Sitten heitä kasvatti hyväsydäminen ja musikaali isoäitinsä, kunnes tämä sairastui. Hän lähetti heidät Bishop'siin, koska siellä oli piano, jota he osasivat soittaa. Hän opetti Miken soittamaan pianoa, kun tämä oli hyvin nuori, ja hän oli erittäin lahjakas. Bishop's ei kuitenkaan ollut sitä, miltä se näytti heidän isoäidilleen. Bishop'sin johtaja oli häikäilemätön ja korruptoitunut rouva Pennyweather. Mrs. Pennyweather kohteli orpoja huonosti ja epäoikeudenmukaisesti. Hän aikoi jopa lähettää nuoremmat orvot, kuten nuoren Frankien, osavaltion orpokotiin, jossa oli kauheita oloja. Hän piti parempana vanhempia poikia, jotka voisivat työskennellä lähellä oleville maanviljelijöille, jotta hän saattoi salaa pussittaa heidän ansaitsemansa rahat. Mike pelkäsi, että hän ja Frankie erotettaisiin, ja halusi epätoivoisesti pitää Frankien poissa osavaltion orpokodista. Valitettavasti tuolloin ei ollut paljon ihmisiä, jotka adoptoivat orpoja. Se oli suuren laman aikana, ja ajat olivat erityisen vaikeita useimmille ihmisille.
Miken ja Frankien onni muuttui, kun asianajaja, herra Howard, saapui etsimään poikaa, joka osaisi soittaa pianoa. Tämä vaikutti mystiseltä pyynnöltä. Rouva Pennyweather oletti sen johtuvan siitä, että hän aikoi ostaa heidän pianonsa ja hän oli iloinen saadessaan ansaita rahaa. Mike, joka oli ihmelapsi pianolla, soitti Frankien rinnalla, ja kaksi poikaa ilahduttivat asianajajan. Mr. Howard paljasti, että hän ei ollut kiinnostunut ostamaan pianoa, vaan itse asiassa hän halusi adoptoida pojan, joka voisi soittaa hänen työnantajansa, rouva Sturbridge, joka oli itse eläkkeellä oleva konserttipianisti ja hänen piti adoptoida lapsi. Pojat olivat niin iloisia, että heidät adoptoitiin yhdessä, ja ajatus varakkaasta rouva Sturbridgesta kiinnosti heitä. Ongelmana oli, että kun he saapuivat, rouva Sturbridge vaikutti hyvin järkyttyneeltä ajatuksesta. Ilmeisesti hän ei halunnut adoptoida heitä.
Herra Howard vakuutti pojille, että kaikki olisi hyvin. Rouva Sturbridge (Eunice) ei kuitenkaan huomioinut poikia viikkoja heidän parhaansa yrityksistä huolimatta. Herra ja rouva Potter, pihanhoitaja ja taloudenhoitaja, auttoivat hoitamaan poikia. Mr. Potter jopa opetti heidät soittamaan huuliharppua sen jälkeen, kun herra Howard osti heille aivan erityisen huuliharppu kaupasta. Mike osoittautui yhtä lahjakkaaksi huuliharppussa kuin pianossakin. Aina kun hän soitti instrumenttia, hän oli täynnä itseluottamusta.
Lopulta totuus paljastui, että rouva Sturbridge pakotettiin adoptoimaan pojat edesmenneen isänsä testamentissa olevan toiveen vuoksi. Hän oli traagisesti menettänyt oman poikansa ja suri edelleen, minkä vuoksi hän oli niin haluton tutustumaan poikiin. Mike pyysi rouva Sturbridgea adoptoimaan ainakin Frankien. Hän pelkäsi Frankien puolesta, jos hänet lähetettäisiin takaisin Bishopin luo, koska hän tiesi, että rouva Pennyweather lähettäisi hänet hirvittävään osavaltion orpokotiin. Vaikka hän ei nauttinut erosta pikkuveljestään, hän pyysi rouva Sturbridgea avaamaan sydämensä Frankielle. Mike sanoi menevänsä kuuluisaan huuliharppubändin koe-esiintymiseen ja asuvansa bändin kanssa, jotta rouva Sturbridgen ei tarvitsisi huolehtia hänestä. rouva Sturbridge näytti suostuvan Miken sopimukseen.
Pojat alkoivat olla perheenä ja kutsuivat rouva Sturbridgea Eunie-tätiksi. Hän jopa soitti pianoa uudelleen, minkä hän lopetti poikansa kuoleman jälkeen. Mike osallistui huuliharppubändin koe-esiintymiseen ja teki heihin vaikutuksen lahjakkuudellaan. Kuitenkin ennen kuin hän sai tulokset, hän löysi kirjeen Eunicelle, jossa hän peruutti adoption! Mike oli järkyttynyt ja päätti paeta Frankien kanssa keskellä yötä, jotta he eivät joutuisi eroon. Yritessään paeta Mike putosi hälyttävästi korkeasta puusta! Jälleen lukija jää jännitykseksi ja ihmettelee, mitä Mikelle ja Frankielle tapahtuu.
Ivy Maria Lopez asui Kaliforniassa äitinsä, isänsä ja veljensä Fernandon kanssa vuonna 1942. Hänen vanhempansa olivat maahanmuuttajaviljelijöitä, jotka muuttivat usein työn perässä. Kun toinen maailmansota syttyi, Fernando lähti taistelemaan ja perhe kaipasi häntä kovasti. Toinen järkytys tuli, kun Ivy kuuli heidän muuttavan uudelleen, tällä kertaa maatilalle, jossa he saattavat omistaa osan maasta vuokrasopimuksen päätyttyä. Hänen vanhempansa olivat innoissaan, mutta Ivy oli surullinen jättäessään suosikkiopettajansa, parhaan ystävänsä ja mahdollisuuden soittaa koulubändissä ja radiossa uudella erityisellä huuliharppullaan.
Ivy ja hänen perheensä muuttivat uudelle maatilalle, jonka he vuokrasivat Yamamoton perheeltä. Yamamotot oli siirretty väkisin keskitysleirille japanilaisen perinnön vuoksi toimeenpanomääräyksen 9066 jälkeen. Heidän täytyi jättää kaikki taakseen ja kantaa mukanaan vain pieniä matkalaukkuja. Siksi heidän talonsa, maansa ja kaikki heidän omaisuutensa jätettiin vartioimatta tilalle. Lopezin perheelle oli hyödyllistä tulla hoitamaan maatilaa heidän poissa ollessaan, jotta Yamamotot eivät menettäisi omaisuuttaan. Kauheista olosuhteista huolimatta Ivyn perhe oli kiitollinen tilaisuudesta.
Kun he asettuivat rutiineihinsa maatilalla, Ivy odotti koulun aloittamista uuden ystävänsä ja naapurinsa Susan Wardin kanssa. Ensimmäisenä päivänä hän kuitenkin tajusi, että hänen oli pakko mennä erilliseen kouluun meksikolaisen perinnön takia! Valkoiset lapset kiusoittivat häntä ja tekivät rasistisia ja tietämättömiä huomautuksia. Ivy oli järkyttynyt. Hän ei ymmärtänyt tätä epäoikeudenmukaisuutta. Hänen vanhempansa vannoivat taistelevansa erottelua vastaan kaikin mahdollisin tavoin.
Samaan aikaan Susan ja Ivy lähentyivät, vaikka he olivat erossa koulupäivän aikana. He soittivat yhdessä koulubändissä koulun jälkeen, johon Ivy sai liittyä. Ivy teki kaikkiin vaikutuksen huuliharpputaitollaan. Kun hän soitti sitä, hän oli täynnä vakaumusta ja rohkeutta.
Ivy sai tietää, että Susanilla oli kaksi veljeä, jotka taistelivat sodassa ja yksi oli kuollut taistelussa. Susanin vanhemmat kärsivät edelleen menetyksestä. Huolimatta siitä, että Susanin veljet olivat parhaita ystäviä naapurinsa Kenny Yamamoton kanssa ja jopa värväytyivät yhteen, Susanin isä, herra Ward, oli vakuuttunut siitä, että Yamamotot olivat jotenkin japanilaisia vakoojia. Hän syytti heitä poikansa kuolemasta. Hän vaati Yamamoton talosta johtolankojen etsimistä. Sen sijaan, että herra Ward ja Lopezit olisivat löytäneet merkkejä vakoilusta, he löysivät huoneen täynnä instrumentteja. Niitä säilytettiin kymmenien amerikkalaisten japanilaisille perheille, jotka olivat joutuneet menemään keskitysleireille ja jättämään kaikki arvokkaat omaisuutensa taakseen.
Ivy jatkoi menestystä koulussa ja bändissä, ja hänen opettajansa kannusti häntä ottamaan huilun. Kenny Yamamoto, joka oli väliaikaisella vapaalla armeijasta, tuli käymään tilalla allekirjoittamaan paperit Lopezin vuokrasopimuksen virallistamiseksi. Kenny oli kiitollinen siitä, että Lopezin perhe huolehti maatilasta hänen perheensä poissa ollessa. Lähtiessään Ivy tunsi olevansa pakko antaa Kennylle hänen erityisen huuliharppunsa säilytettäväksi hänen ollessaan poissa sodasta. Sitten eräänä päivänä, kun hän oli matkalla koulusta kotiin, Ivy ja Susan huomasivat hänen ovella sähkeen. Telegram-sanansaattajat tarkoittivat vain huonoja uutisia! Heidät lähetettiin yleensä varoittamaan perhettä ja sotilas kuoli taistelussa! Ivy rukoili, että Fernando olisi kunnossa. Kolmannen kerran lukija jää ihmettelemään hahmojen kohtaloa.
Neljäs osa alkaa Friedrich Schmidtillä monta vuotta myöhemmin, kun hän muistelee tuon kohtalokkaan päivän tapahtumia Saksassa Dachauhun suuntautuvassa junassa. Hälinässä juna oli alkanut lähteä asemalta. Välttääkseen juuttumista junaan natsisotilaat hyppäsivät pois jättäen Friedrichin ihmeen kaupalla taakseen. Friedrich onnistui matkustamaan Dachauhun ja pelastamaan isänsä Elisabethin hänelle antamalla lahjusrahalla. Friedrichin isä Martin oli pahoin pahoinpidelty ja aliravittu, ja kesti kuukausia ennen kuin hän toipui. Lopulta Martin ja Friedrich matkustivat Sveitsiin, missä he tapasivat Guntherin ja onnistuivat selviytymään sodasta.
Friedrich harjoitti musiikkia Sveitsissä ja saavutti unelmansa tulla suureksi kapellimestariksi. Romaanin lopussa vuonna 1951 hänet nähdään johtamassa esitystä Carnegie Hallissa New Yorkissa. Hänen isänsä ja Gunter-setä ovat ylpeinä yleisössä. Heillä on edelleen toivo tavata Elisabethin kanssa jonakin päivänä ja he muistelevat, kuinka pitkälle he ovat päässeet.
Seuraavaksi lukija näkee Mike Flanneryn, joka on pukeutunut smokkiin ja tervehtii rouva Sturbridgea, herra Howardia ja Frankieta Carnegie Hallissa. Hän muistelee, että monta vuotta sitten hän selvisi onneksi kaatumisestaan ilman muuta kuin naarmuja ja mustelmia. Kävi ilmi, että rouva Sturbridge (Eunie-täti) halusi itse asiassa adoptoida pojat. Hän poltti kirjeen, jonka Mike oli löytänyt todistaakseen sen. Ja hän ei halunnut vain adoptoida Frankien vaan myös Miken! He kaikki muuttivat yhteen herra Howardin ja herra ja rouva Potterin kanssa ja elivät onnellisina. Mike pääsi Harmonica Bandiin ja soitti heidän kanssaan vuoden. Sitten hän päätti keskittyä enemmän pianoon ja antoi huuliharppunsa ryhmälle, joka keräsi niitä tarvitseville. Mike tunsi velvollisuudekseen välittää erikoishuuliharppunsa.
Mike jatkoi unelmansa toteuttamista konserttipianistiksi, ja hänet hyväksyttiin arvostettuun Julliardiin lukion jälkeen. Toisen maailmansodan aikana hän liittyi armeijaan, mutta kiertueensa jälkeen hän palasi musiikin pariin. Tarinan lopussa, vuonna 1951, Mike soittaa pianosooloa Carnegie Hallissa New Yorkissa tukevien perheensä, Eunie-täti, Frankie ja herra Howard, kanssa yleisössä, joka kannustaa häntä.
Sitten lukija näkee Ivyn nuorena naisena, joka valmistautuu debyyttiinsä Carnegie Hallissa huilulla. Hän muistelee sähkeen avulla sitä pelottavaa päivää monen vuoden takaa. Hänen perheensä oli helpottunut huomatessaan, että onneksi Fernando haavoittui vain toiminnassa. Hän tuli kotiin sodasta ja meni lopulta naimisiin opettajan kanssa, joka työskenteli yhdistetyssä koulussa, jonka Ivyn vanhemmat ja monet muut olivat tehneet kovasti töitä erottaakseen toisistaan. Yamamototkin tulivat kotiin sodan jälkeen ja saivat takaisin tilansa. Kenny Yamamoto oli myös ihmeen kaupalla selvinnyt sodasta Ivyn hänelle antaman onnellisen huuliharmun ansiosta! Ivy jatkoi intohimoaan musiikkiin ja hänestä tuli taitava huilunsoitin. Tarinan lopussa, vuonna 1951, Ivy on uusi nuori huilusoittaja Empire Philharmonicille New Yorkissa. Hän esiintyy Carnegie Hallissa, ja yleisössä häntä kannustaa hänen rakas ystävänsä Kenny Yamamoto.
Lopuksi meidät viedään takaisin Trossingeniin 1800-luvun lopulla Otton luo. Kasvaessaan hänestä tuli huuliharppujen valmistaja Trossingenin liikkeessä ja lopulta suoritti tehtävänsä "Messengerina" tuomalla kohtalokkaan huuliharppu kauppaan. Hän merkitsi sen punaisella M-kirjaimella ja sieltä huuliharppu kulki ympäri maailmaa Saksasta Pennsylvaniaan Kaliforniaan ja takaisin. Kohtalon tahtoen Einsin, Zwein ja Drein vapaus tuli, kun he pelastivat Kenny Yamamoton kuoleman partaalta haavoittuttuaan sodassa. Huuliharppu oli estänyt luotia lävistämästä hänen sydäntään! Noidan loitsu murtui ja kolme sisarta pääsivät lopulta jälleen yhteen äitinsä ja veljensä kanssa. Heidät nimettiin uudelleen Arabellaksi, Roswithaksi ja Wilhelminiaksi, ja he asuivat sen jälkeen onnellisina rakastavan perheensä ympäröimänä.
