Freak the Mighty est l'histoire de Max Kane, un élève de septième qui prend après son père en ce sens qu'il est de très grande stature. Bien qu'il ait la taille d'un adulte, Max a du mal à l'école et a du mal à réussir chaque année. Il a un trouble d'apprentissage non diagnostiqué associé à un traumatisme lié à la perte de sa mère à un jeune âge à cause de la violence. Cependant, lorsque Max rencontre Kevin "Freak" Avery, sa vie commence à changer.
Kevin, surnommé Freak, est extrêmement petit pour son âge, à seulement trois pieds de haut en 7e année. Il souffre d'une maladie génétique rare qui rend la marche difficile et il a des orthèses pour les jambes et des béquilles. Cependant, malgré sa taille, Freak est extrêmement bien lu et possède un vocabulaire étonnant. Freak semble tout savoir sur tout! Il aime particulièrement la littérature et les histoires d'aventures telles que celles sur "King Arthur". Les deux garçons ont du mal à naviguer dans le monde du collège et nouent une amitié improbable.
Max et Freak forment un lien étroit et partent ensemble dans de nombreuses aventures. Max porte souvent Freak sur ses épaules, ce qui leur vaut le surnom de «Freak the Mighty» car ensemble, ils sont imparables. Ils déjouent les intimidateurs et assistent à tous leurs cours avec Freak aidant Max à enfin apprendre à lire et à écrire. Freak dit à Max qu'un jour il obtiendra un corps «bionique» pour l'aider à guérir. Une des aventures de Max et Freak les conduit au domicile d'Iggy et Loretta Lee, deux ex criminels qui révèlent à Freak (et au lecteur) pour la première fois que le père de Max est Kenny "Killer" Kane, et est en prison pour meurtre.
Le père de Max a tué sa mère alors que Max n'avait que quatre ans. Kane est en prison depuis, mais est en liberté conditionnelle malgré les protestations des grands-parents de Max. Une nuit alors que Max dort, Kane le kidnappe et le force à venir avec lui dans l'immeuble d'Iggy et Loretta dans une rangée de logements délabrés. Kane attache son fils en lui disant que toutes ces années, il a été injustement emprisonné et qu'il n'a jamais tué personne. Quand Max dit à son père qu'il sait qu'il a tué sa mère, qu'il s'en souvient très bien, Kane entre en colère. Kane est sur le point de tuer Max et Loretta, qui ont tenté de lui venir en aide. Dans une tournure choquante, Freak s'écrase à travers la fenêtre pour venir à la rescousse juste à temps en déjouant Kenny avec un pistolet à eau!
La police arrive et le père de Max est renvoyé en prison. Cependant, leur soulagement est de courte durée quand, peu de temps après, Freak subit une crise d'épilepsie et est transporté d'urgence à l'hôpital. C'est à l'hôpital que Max apprend que l'histoire de Freak sur un corps «bionique» n'était que cela - une histoire. Il savait qu'il ne survivrait pas à son état, qui s'appelle le syndrome de Morquio, mais voulait donner à Max quelque chose à espérer. Avant que Freak ne décède, il donne à Max un cahier vierge lui disant d'écrire sur toutes leurs aventures ensemble.
Max prend très fort la passe de Freak. Il est déprimé pendant environ un an avant d'avoir enfin le courage de sortir le cahier vierge que Freak lui a donné et de commencer à écrire. C'est ici que le lecteur se rend compte que le livre que nous avons lu n'est que cela: Max a finalement canalisé son chagrin en écrivant sur son amitié "ininterrompue" et celle de Freak et leurs aventures épiques.
