La nouvelle se déroule dans un village balnéaire reculé où vit une jeune famille de trois personnes : Kino, Juana et leur fils en bas âge, Coyotito. Bien qu'ils soient pauvres, la famille mène une vie relativement heureuse jusqu'au jour où Coyotito est mordu par un scorpion et sa vie est menacée. Ses parents l'emmènent chez le médecin ; cependant, ils sont refusés parce qu'ils n'ont pas de paiement pour son traitement. Pour y remédier, son père Kino part en pirogue à la recherche d'une perle qu'il pourra vendre pour payer le médecin.
À la maison, Juana prie pour que son mari trouve une perle plus grosse que n'importe quelle autre et ses prières sont exaucées. Kino trouve une si grosse perle qu'elle attire l'attention de tous les villageois. Avec cette grosse perle, il commence à rêver et à se vanter de ce qu'il fera de l'argent. Finalement, le médecin revient et traite Coyotito, et dit qu'il reviendra dans une heure. Pendant ce temps, Coyotito tombe de plus en plus malade, incitant Kino à enterrer la perle dans le coin de la maison. Lorsque le médecin revient, il est en mesure d'administrer plus de médicaments pour aider Coyotito. Lorsqu'il interroge Kino sur la perle, Kino jette un coup d'œil à son lieu de sépulture secret. Sachant qu'il a peut-être révélé sa position, il réenfouit la perle sous sa natte de sommeil après le départ du médecin. Les instincts de Kino étaient corrects, cette nuit-là, un intrus entre (vraisemblablement le médecin) à la recherche de la perle dans le coin et Kino combat l'intrus.
Des cas et des incidents comme celui-ci deviennent fréquents, et le frère de Kino, Juan Tomas, avertit Kino que tous les marchands sont de mèche pour le sous-enchérir sur la perle. Kino décide alors qu'ils doivent se rendre dans la capitale pour vendre la perle. Mal à l'aise à propos de la perle et de l'attention négative qu'elle attire sur la famille, Juana essaie de voler la perle et de s'en débarrasser. Lorsque Kino l'attrape, il la bat violemment et la laisse ensanglantée sur la plage. Quand il rentre chez lui, il est rencontré par un groupe d'hommes qui tentent de lui voler la perle. Dans la bagarre, il laisse tomber la perle, que Juana trouve sur le chemin du retour à la maison. Voyant son mari bouleversé par la perte de la perle et allongé à côté d'un mort, elle lui rend la perle. Craignant encore plus de danger, Juana prévient Kino qu'il sera désormais qualifié de meurtrier et que la perle porte malheur.
Les deux décident inévitablement qu'ils doivent partir. Juana décide de rentrer chez elle pour rassembler leurs affaires tandis que Kino va préparer le canoë. Cependant, ils sont chacun confrontés à un désastre : Kino trouve le canoë détruit et Juana découvre que la maison a été incendiée. S'échappant de justesse, la famille se cache dans la maison de Juan Tomas jusqu'à ce qu'elle puisse partir en toute sécurité vers la capitale pour vendre la perle.
Au bout de quelques jours, les trois partent pour gravir la montagne pour se rendre à la capitale. Kino se rend compte qu'ils sont suivis et ils sprintent jusqu'à une grotte où se cachent Juana et Coyotito. Kino tente alors de créer des détournements pour les pisteurs sous forme de fausses pistes. Quand il les trouve enfin, il tente de les attaquer. Pourtant, au même moment, Coyotito et un coup de feu se font entendre. Après que Kino ait tué les pisteurs et se soit précipité dans la grotte, il découvre que son fils a été abattu.
Portant leur enfant mort, ils sortent de la montagne vers leur village, où la communauté regarde en silence. Kino prend alors la perle et la jette aussi fort qu'il peut dans l'océan.
