Mary Lennox, une enfant désagréable et désagréable, est envoyée vivre avec son oncle, M. Craven, à Misselthwaite Manor. Elle est placée sous la garde d'une jeune femme de ménage nommée Martha. Au début, Mary conserve son caractère désagréable, mais après avoir passé quelque temps dans les jardins du domaine, elle commence à changer. Mary apprend à être curieuse et à jouer dans les jardins en se liant d'amitié avec Ben Weatherstaff, un jardinier et un rouge-gorge.
Martha partage avec Mary des histoires sur sa grande famille vivant dans un chalet. Mary aime les histoires de Martha et aime particulièrement sa mère, Mme Sowerby, et Dickon, un garçon de douze ans qui se lie d'amitié avec la faune.
Marie apprend aussi l'existence d'un jardin fermé depuis dix ans ; M. Craven et sa femme adoraient le jardin et y passaient des heures. Quand elle est morte, M. Craven l'a fait mettre sous clé et la clé enterrée. Mary est assez curieuse au sujet du jardin secret et avec l'aide du rouge-gorge, elle trouve la clé et la porte cachée. A l'intérieur, Mary commence secrètement à désherber en espérant que les roses seront encore vivantes après dix ans d'abandon.
Une nuit, à l'intérieur du manoir du Yorkshire, Mary entend le bruit de quelqu'un qui pleure. Elle découvre Colin Craven, un garçon de dix ans de mauvaise humeur qui croit qu'il va mourir. Colin et Mary s'entendent à la grande surprise de tout le monde dans la maison. Les deux mangent ensemble, lisent des livres et partagent des histoires sur le jardin secret et Dickon.
Après avoir partagé l'histoire du jardin secret avec Colin, il est décidé qu'il s'aventurera dehors et Dickon sera son escorte. À partir de ce moment-là, Colin, Mary et Dickon visitent le jardin secret tous les jours et ont même révélé leur secret au vieux Ben Weatherstaff. Colin expérimente la magie et se tient d'abord debout, puis marche et enfin est capable de courir et de faire de l'exercice comme un garçon ordinaire. Il garde ces nouvelles capacités secrètes des serviteurs et du Dr Craven, jusqu'à ce qu'il soit capable de surprendre lui-même son père.
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