Freak the Mighty priča je o Maxu Kaneu, sedmašu koji za ocem uzima svog oca jer je vrlo krupnog rasta. Unatoč veličini odrasle osobe, Max ima problema u školi i ima poteškoća s polaganjem svakog razreda. Ima nedijagnosticiranu smetnju u učenju, zajedno s traumom od gubitka majke do nasilja u mladosti. Međutim, kad Max upozna Kevina "Nakaza" Averyja, njegov se život počinje mijenjati.
Kevin, nadimka Freak, izuzetno je malen za svoje godine i visok je samo oko tri metra u 7. razredu. Boluje od rijetkog genetskog poremećaja zbog kojeg je teško hodati, a ima aparatiće za noge i štake. Međutim, unatoč svojoj veličini, Freak je izuzetno načitan i ima zapanjujući rječnik. Čini se da Freak zna sve o svemu! Posebno mu se sviđaju književnost i pustolovne priče poput onih o "kralju Arthuru". Oba dječaka imaju poteškoće u navigaciji svijetom srednje škole i sklapaju nevjerojatno prijateljstvo.
Max i Freak stvaraju blisku vezu i zajedno idu u mnoge avanture. Max na svojim ramenima često nosi Freak-a zbog čega im je nadimak "Freak the Mighty" jer su zajedno nezaustavljivi. Nadmudruju nasilnike i pohađaju sve njihove satove zajedno s Freakom pomažući Maxu da napokon nauči čitati i pisati. Freak kaže Maxu da će jednog dana dobiti "Bionic" tijelo koje će mu pomoći u njegovom stanju. Jedna od pustolovina Maxa i Freaka vodi ih do kuće Iggyja i Lorette Lee, dvoje bivših kriminalaca koji Freaku (i čitatelju) prvi put otkrivaju da je Maxov otac Kenny "Ubojica" Kane i da je u zatvoru zbog ubojstva.
Maxov otac ubio je majku kad su Maxu bile samo četiri godine. Kane je od tada u zatvoru, ali je na uvjetnom otpustu unatoč prosvjedima Maxovih bake i djeda. Jedne noći dok Max spava, Kane ga otme i prisiljava ga da pođe s njim u stambenu zgradu Iggyja i Lorette u nizu oronulih stanova. Kane veže svog sina rekavši mu da je svih ovih godina nepravedno zatvoren i da nikada nikoga nije ubio. Kad Max kaže ocu da zna da je ubio njegovu majku, da se toga živo sjeća, Kane pobjesni. Kane će uskoro ubiti i Maxa i Lorettu, koji su mu pokušali priskočiti u pomoć. U šokantnom zaokretu, Freak se sruši kroz prozor priskočeći u pomoć baš na vrijeme nadmudrivši Kennyja vodenim pištoljem!
Dolazi policija i Maxov otac se vraća natrag u zatvor. Međutim, njihovo je olakšanje kratkotrajno kada malo kasnije Freak doživi napadaj i hitno je prebačen u bolnicu. Max u bolnici saznaje da je Freakina priča o "Bionic" tijelu bila upravo to - priča. Znao je da neće preživjeti svoje stanje, koje se naziva Morquioov sindrom, ali Maxu je želio dati nešto čemu se nada. Prije nego što Freak umre, daje Maxu praznu bilježnicu koja mu govori da zajedno napiše o svim njihovim pustolovinama.
Max jako teško podnosi dodavanje Freaka. U depresiji je otprilike godinu dana prije nego što napokon prikupi hrabrost izvaditi praznu bilježnicu koju mu je dao Freak i početi pisati. Ovdje čitatelj shvaća da je knjiga koju čitamo upravo to: Max napokon usmjerava svoju tugu u pisanje o svom i Freakovom "nepokorenom" prijateljstvu i njihovim epskim avanturama.
