Wonder is het ontroerende verhaal over een jongen uit de vijfde klas, August Pullman ("Auggie"), die werd geboren met een zeldzame combinatie van genetische afwijkingen, waardoor hij er "misvormd" uitzag. Deze geboorteafwijkingen vereisen veel operaties tijdens zijn kindertijd. Als gevolg hiervan kan Auggie pas in de vijfde klas naar de openbare school gaan. Hoewel hij erg slim is en thuisonderwijs heeft gehad, heeft Auggie geen idee hoe het is om met andere kinderen op school te zitten. Zijn enige ervaringen met mensen, naast zijn familie en een paar anderen, waren in ziekenhuizen of wanneer mensen hem in het openbaar aanstaarden.
Het boek vertelt Auggie's eerste schooljaar vanuit het perspectief van veel verschillende karakters. Hij ervaart zowel pesten als willekeurige daden van vriendelijkheid. Het verhaal is een eye-opening account dat de lezer helpt te begrijpen hoe het is om anders te zijn, pesten te ervaren en door te zetten. Wonder is een geweldig hulpmiddel in de strijd tegen pesten.
Wonder van RJ Palacio gaat over een jongen, "Auggie", die regelmatig wordt geconfronteerd met pesten en misverstanden vanwege een misvormende genetische aandoening. Het eerste deel van het boek is vanuit het perspectief van Auggie en beschrijft zijn overgang van thuisonderwijs naar een privéschool.
Behalve zijn uiterlijk, dat mensen verontrustend of verontrustend vinden, beschouwt Auggie zichzelf als een normaal kind. Vanwege dit medische probleem en aanverwante operaties heeft hij jarenlang thuisonderwijs gehad, maar zijn moeder vindt dat hij met andere kinderen naar de middelbare school moet gaan.
Auggie is doodsbang om naar een 'echte school' te gaan, maar heeft altijd al vriendschappen willen ervaren zoals andere kinderen dat deden. Hij geeft toe dat hij een paar vrienden heeft, maar er gaat niets boven de 'normale' kinderervaring. Na wat heen en weer met zijn ouders, stemt Auggie ermee in om op zijn minst het hoofd van zijn nieuwe school te ontmoeten.
Als hij op tournee gaat, wordt hij voorgesteld aan drie studenten: Jack, Julian en Charlotte. Hoewel Jack en Charlotte zich enigszins ongemakkelijk voelen, kunnen ze goed met zichzelf omgaan en slagen ze erin aardig en behulpzaam te zijn tegen Auggie. Julian begint gemeen en gaat verder met vervelende, achterbakse opmerkingen, zelfs nadat de school aan de gang is.
Lezers maken kennis met meneer Brown, een van Auggie's leraren. Hij leert de kinderen over voorschriften: "PRECEPTS = REGELS OVER ECHT BELANGRIJKE DINGEN!" Volgens de heer Brown zijn het motto's om naar te leven. Het eerste voorschrift van het jaar (en een thema van het boek) is: "WANNEER DE KEUZE WORDT GEGEVEN TUSSEN JUIST OF VRIENDELIJK ZIJN, KIES VRIENDELIJK."
Auggie ontmoet een nieuwe vriend, Summer, die tijdens de lunch bij hem zit. Hij gaat ook veel met Jack om. Hij werkt hard op school en beleeft veel gelukkige primeurs, terwijl hij het gevoel heeft dat mensen hem beoordelen. Hoewel het grootste deel van zijn tijd gelukkig is, heeft Auggie een bijzonder pijnlijke ervaring met Halloween. Wanneer Auggie op het laatste moment van kostuum verandert, realiseren de andere studenten zich niet dat hij het is. Auggie hoort Julian zeggen dat hij zelfmoord zou plegen als hij een gezicht had als dat van Auggie. Auggie is zo van streek dat hij ziek naar huis moet.
Het tweede deel van het boek is vanuit het perspectief van Via, Auggie's oudere zus. Ze houdt heel veel van haar broer, maar kan zich niet herinneren dat augustus niet in het middelpunt van de belangstelling stond. Ze zegt dat dit oké is, maar het wordt duidelijk dat Via wat aandacht aan haar moet besteden. Ze is altijd de 'beschermer' van Auggie geweest, zelfs als ze in de war was door de complexe omstandigheden in het leven van haar familie, en ook al begreep ze niet hoe Auggie omgaat met de blikken en opmerkingen van mensen.
De overige hoofdstukken laten de lezers zien hoe sommige andere personages Auggie zien. Ze leggen de verschillende gevoelens en emoties vast die kinderen ervaren wanneer ze omgaan met mensen die anders zijn. Deze hoofdstukken bieden veel perspectieven op pesten en het omgaan met pesten.
