Wonder van RJ Palacio gaat over een jongen, "Auggie", die regelmatig wordt gepest en onbegrip wordt vanwege een misvormende genetische aandoening. Het eerste deel van het boek is vanuit Auggie's perspectief en beschrijft zijn overgang van thuisonderwijs naar een privéschool.
Behalve zijn uiterlijk, dat mensen verontrustend of verontrustend vinden, beschouwt Auggie zichzelf als een normaal kind. Vanwege dit medische probleem en aanverwante operaties krijgt hij al jaren thuisonderwijs, maar zijn moeder vindt dat hij met andere kinderen naar de middelbare school moet gaan.
Auggie is doodsbang om naar een 'echte school' te gaan, maar heeft altijd al vriendschappen willen ervaren zoals andere kinderen dat deden. Hij geeft toe dat hij een paar vrienden heeft, maar er gaat niets boven 'normale' kinderen. Na wat heen en weer met zijn ouders, stemt Auggie ermee in om in ieder geval het hoofd van zijn nieuwe school te ontmoeten.
Als hij op tournee gaat, maakt hij kennis met drie studenten: Jack, Julian en Charlotte. Hoewel Jack en Charlotte zich een beetje ongemakkelijk voelen, gaan ze goed met zichzelf om en slagen ze erin om aardig en behulpzaam te zijn voor Auggie. Julian begint gemeen en gaat verder met gemene, onderhandse opmerkingen, zelfs nadat de school is begonnen.
Lezers maken kennis met meneer Brown, een van Auggies leraren. Hij leert de kinderen over leefregels: ”VOORSCHRIFTEN = REGELS OVER ECHT BELANGRIJKE DINGEN!” Volgens de heer Brown zijn het motto's om naar te leven. Het eerste voorschrift van het jaar (en een thema van het boek) is: "KIES WANNEER DE KEUZE TUSSEN JUIST OF GOED ZIJN, KIES GOED."
Auggie ontmoet een nieuwe vriend, Summer, die bij hem zit tijdens de lunch. Hij gaat ook veel om met Jack. Hij werkt hard op school en beleeft veel gelukkige primeurs, terwijl hij het gevoel heeft dat mensen hem beoordelen. Hoewel hij het grootste deel van zijn tijd gelukkig is, heeft Auggie een bijzonder pijnlijke ervaring op Halloween. Als Auggie op het laatste moment van kostuum verandert, beseffen de andere studenten niet dat hij het is. Auggie hoort Julian zeggen dat hij zelfmoord zou plegen als hij een gezicht had zoals dat van Auggie. Auggie is zo overstuur dat hij ziek naar huis moet.
Het tweede deel van het boek is van de mening van Via, de oudere zus van Auggie. Ze houdt heel veel van haar broer, maar kan zich geen tijd herinneren dat augustus niet in het middelpunt van de belangstelling stond. Ze zegt dat dit oké is, maar het wordt duidelijk dat Via wel wat aandacht aan haar moet krijgen. Ze is altijd Auggie's 'beschermer' geweest, zelfs als ze in de war was door de complexe omstandigheden van het leven van haar familie, en ondanks dat ze niet begreep hoe Auggie omgaat met de blikken en opmerkingen van mensen.
De overige hoofdstukken laten de lezers zien hoe sommige van de andere personages Auggie zien. Ze leggen de verschillende gevoelens en emoties vast die kinderen ervaren wanneer ze omgaan met mensen die anders zijn. In deze hoofdstukken worden veel perspectieven op pesten en omgaan met pesten in beeld gebracht.
