Mary Lennox, ornernícke, nepopulárne dieťa, je poslaná žiť k svojmu strýkovi, pánovi Cravenovi, do panstva Misselthwaite. Je umiestnená do voľnej starostlivosti mladej slúžky menom Martha. Mary spočiatku pokračovala vo svojej nepríjemnej povahe, ale potom, čo strávila nejaký čas v záhradách panstva, sa začala meniť. Mary sa naučí byť zvedavá a hrať sa v záhradách a skamarátiť sa s Benom Weatherstaffom, záhradníkom a červeným červienkom.
Martha zdieľa príbehy s Mary o svojej veľkej rodine, ktorá žije na chate. Mary má rada príbehy Marty a obzvlášť má rada svoju matku pani Sowerbyovú a Dickona, dvanásťročného chlapca, ktorý sa priatelí s divou zverou.
Mary sa dozvie aj o záhrade, ktorá bola desať rokov zamknutá; Pán Craven a jeho manželka milovali záhradu a trávili by v nej hodiny. Keď zomrela, pán Craven ho zamkol a kľúč zakopal. Mary je na tajnú záhradu celkom zvedavá a s pomocou robiny nájde kľúč a skryté dvere. Vnútri Mary tajne začína plieniť v nádeji, že ruže budú po desiatich rokoch opustenia stále živé.
Jednej noci Mary v kaštieli v Yorkshire počuje zvuk niekoho plačúceho. Spoznáva Colina Cravena, nešťastného desaťročného chlapca, ktorý verí, že zomrie. Colin a Mary spolu veľmi prekvapia všetkých ostatných v dome. Títo dvaja spolu jedia, čítajú knihy a delia sa o príbehy tajnej záhrady a Dickona.
Po zdieľaní príbehu o tajnej záhrade s Colinom sa rozhodne, že sa vydá von a Dickon bude jeho sprievodom. Od tej doby Colin, Mary a Dickon navštevujú tajnú záhradu každý deň a dokonca nechali starého Ben Weatherstaffa vstúpiť do ich tajomstva. Colin experimentuje s Magic a najskôr stojí, potom kráča a nakoniec je schopný behať a cvičiť ako obyčajný chlapec. Tieto nové schopnosti uchováva v tajnosti pred sluhami a doktorom Cravenom, kým nie je schopný sám prekvapiť svojho otca.
