Freak the Mighty on tarina Max Kanesta, seitsemännestä luokasta, joka ottaa isänsä jälkeen, koska hän on erittäin suuri. Huolimatta aikuisen koosta, Maxilla on vaikeuksia koulussa ja vaikeuksia kaikkien luokkien läpäisemisessä. Hänellä on diagnosoimaton oppimisvaikeus sekä trauma äidin menettämisestä väkivaltaan nuorena. Kun Max tapaa Kevin "Freak" Averyn, hänen elämänsä alkaa muuttua.
Kevin, lempinimeltään Freak, on ikältään äärimmäisen pieni ja vain noin kolme jalkaa pitkä 7. luokassa. Hänellä on harvinainen geneettinen häiriö, joka vaikeuttaa kävelyä, ja hänellä on jalkahihnat ja kainalosauvat. Koostaan huolimatta Freak on erittäin luettu ja sillä on hämmästyttävä sanasto. Freak näyttää tietävän kaiken kaikesta! Hän on erityisen kiinnostunut kirjallisuudesta ja seikkailutarinoista, kuten "King Arthurista". Molemmilla pojilla on vaikeuksia liikkua lukion maailmassa ja solmivat epätodennäköisen ystävyyden.
Max ja Freak muodostavat läheisen siteen ja menevät moniin seikkailuihin yhdessä. Max kantaa Freakia usein harteillaan, mikä ansaitsee heille lempinimen "Freak the Mighty", koska yhdessä he ovat pysäyttämättömiä. He ovelevat kiusaajia ja osallistuvat kaikkiin luokkiinsa yhdessä Freakin kanssa ja auttavat Maxia lopulta oppimaan lukemaan ja kirjoittamaan. Freak kertoo Maxille, että jonain päivänä hän saa "bionisen" ruumiin auttamaan kunnossaan. Yksi Maxin ja Freakin seikkailuista johtaa heidät Iggy ja Loretta Lee, kahden entisen rikollisen kotiin, jotka paljastavat Freakille (ja lukijalle) ensimmäistä kertaa, että Maxin isä on Kenny "Killer" Kane ja että hän on vankilassa murhasta.
Maxin isä tappoi äitinsä, kun Max oli vain neljä vuotta vanha. Kane on ollut vankilassa siitä lähtien, mutta on ehdonalaiseen ehdonalaiseen huolimatta Maxin isovanhempien mielenosoituksista. Eräänä yönä Max nukkumassa Kane sieppaa hänet ja pakottaa hänet tulemaan mukanaan Iggyn ja Lorettan kerrostaloon rivissä vanhentuneita asuntoja. Kane sitoo poikansa kertoen hänelle, että kaikki nämä vuodet hänet vangittiin epäoikeudenmukaisesti ja ettei hän koskaan murhannut ketään. Kun Max kertoo isälleen tietävänsä tappaneensa äitinsä, että muistaa sen elävästi, Kane raivostuu. Kane on tappamassa sekä Maxin että Lorettan, joka yritti tulla hänen avukseen. Järkyttävässä käänteessä Freak kaatuu pelastusikkunan läpi juuri oikeaan aikaan ohittamalla Kennyä vesipistoolilla!
Poliisi saapuu ja Maxin isä lähetetään takaisin vankilaan. Heidän helpotuksensa on kuitenkin lyhytikäinen, kun vähän aikaa myöhemmin Freak saa kohtauksen ja hänet viedään sairaalaan. Juuri sairaalassa Max saa tietää, että Freakin tarina "bionisesta" ruumiista oli juuri sellainen - tarina. Hän tiesi, että hän ei selviä tilastaan, jota kutsutaan Morquion oireyhtymäksi, mutta halusi antaa Maxille jotain toivottavaa. Ennen kuin Freak kuolee, hän antaa Maxille tyhjän muistikirjan, jossa käsketään häntä kirjoittamaan kaikista heidän seikkailuistaan yhdessä.
Max ottaa Freakin ohitukset erittäin kovasti. Hän on masentunut noin vuoden ajan, ennen kuin hän lopulta kutsuu rohkeuden ottaa pois tyhjä muistikirja, jonka Freak antoi hänelle, ja aloittaa kirjoittamisen. Juuri täällä, kun lukija ymmärtää, että lukemamme kirja on juuri sitä: Max ohjasi vihdoin surunsa kirjoittamiseen hänen ja Freakin "suorittamattomasta" ystävyydestään ja heidän eeppisistä seikkailuistaan.
