Mary Lennox, ein widerliches, unsympathisches Kind, wird zu ihrem Onkel Mr. Craven in Misselthwaite Manor geschickt. Sie wird unter die lockere Obhut eines jungen Hausmädchens namens Martha gegeben. Mary setzt ihren unangenehmen Charakter zunächst fort, doch nachdem sie einige Zeit in den Gärten des Anwesens verbracht hat, beginnt sie sich zu verändern. Mary lernt, neugierig zu sein und in den Gärten zu spielen, indem sie sich mit Ben Weatherstaff, einem Gärtner und einem Rotkehlchen, anfreundet.
Martha erzählt Mary Geschichten über ihre große Familie, die in einem Cottage lebt. Mary mag Marthas Geschichten und mag besonders ihre Mutter Mrs. Sowerby und Dickon, einen zwölfjährigen Jungen, der sich mit der Tierwelt anfreundet.
Mary erfährt auch von einem Garten, der seit zehn Jahren abgesperrt ist; Mr. Craven und seine Frau liebten den Garten und verbrachten Stunden darin. Als sie starb, ließ Mr. Craven es abschließen und den Schlüssel vergraben. Mary ist neugierig auf den geheimen Garten und findet mit Hilfe des Rotkehlchens den Schlüssel und die versteckte Tür. Im Inneren beginnt Mary heimlich mit dem Jäten von Unkraut in der Hoffnung, dass die Rosen nach zehn Jahren des Verlassens noch am Leben sein werden.
Eines Nachts hört Mary in der Villa in Yorkshire, wie jemand weint. Sie entdeckt Colin Craven, einen übellaunigen zehnjährigen Jungen, der glaubt, dass er sterben wird. Colin und Mary verstehen sich sehr zur Überraschung aller anderen im Haus. Die beiden essen zusammen, lesen Bücher und erzählen Geschichten über den geheimen Garten und Dickon.
Nachdem Colin die Geschichte des geheimen Gartens erzählt hat, wird beschlossen, dass er sich auf den Weg macht und Dickon seine Eskorte sein wird. Von da an besuchen Colin, Mary und Dickon jeden Tag den geheimen Garten und lassen sogar den alten Ben Weatherstaff in ihr Geheimnis einweihen. Colin experimentiert mit Magie und steht zuerst, dann geht er und kann schließlich wie ein normaler Junge laufen und trainieren. Diese neuen Fähigkeiten hält er vor den Dienern und Dr. Craven geheim, bis er seinen Vater selbst überraschen kann.
