Durante el gobierno se emitieron las leyes más radicales, como las de matrimonio civil,divorcio y cultos, que despertaron fuerte reacciónde la Iglesia católica
Durante este primer mandato se construyó el ferrocarril entre Guayaquil y Quito.
En 1910, Alfaro enfrentó exitosamente el peligro de una guerra con el Perú por los territorios orientales. En 1911, impuso a Emilio Estradacomo sucesor.
La libertad no se implora de rodillas, se conquista en los campos de batalla
A inicios de 1883, Alfaro fue proclamado jefe supremo de Manabí y Esmeraldas y organizó un ejército que derrotó al dictador, cuyo último reducto, Guayaquil, cayó el 9 de julio de 1883.
El 12 de enero de 1897, una Asamblea Constituyente, tras expedir la undécima Constitución, se pronunció por el liberalismo y eligió como presidente a Alfaro. Durante su primer gobierno, que concluyó en 1901, Alfaro se dedicó a consolidar el triunfo liberal, a establecer la separación entre la Iglesia y el Estado y a impulsar la construcción del ferrocarril entre Quito y Guayaquil.