Regreso al Perú, al pasar por la ciudad del Cusco, camino a Lima, y después de un mes en el Cusco, falleció entre la noche del 31 de diciembre de 1597 y la madrugada del 1 de enero de 1598
Toda su vida fue una continua misión. Se le conoció como el “Apóstol de los indios” y “Modelo de misionero”.