Anne Frank er en tretten år gammel jødisk pige, der bor i Amsterdam, Holland. Hendes forældre giver hende en dagbog til hendes fødselsdag, og hun skriver alle sine tanker og oplevelser i breve til sin veninde, "Kitty."
Frankerne bor i det tysk besatte Holland under Anden Verdenskrig. Annes søster, Margot, bliver indkaldt til deportation af Schutzstaffel (SS). Frank -familien gemmer sig på hr. Franks gamle arbejdsplads ved hjælp af sine kolleger. De får følgeskab af en anden jødisk familie, Van Daans.
Livet i det hemmelige anneks er meget svært. Der er ikke meget plads, meget lidt frisk luft, få ressourcer til rådighed og lidt mere til at lave mad, rengøring, læsning og søvn. De har meget begrænsede forsyninger, skal være stille i løbet af dagen, kan ikke gå udenfor og leve i konstant frygt for opdagelse. Folk holder travlt med at læse, studere, skrive, tilberede måltider og lytte til radioen, når det er sikkert, men kedsomhed er et almindeligt problem. Personligheder støder sammen i det lille rum: Anne med sin mor, hr. Van Daan med hr. Frank og fru Van Daan med alle andre. Det er svært at slippe for irritationer, og små irritationer opstår.
En anden jødisk flugt, Mr. Dussel, kommer for at blive hos frankerne og Van Daans. The Secret Annexe er nu endnu mere trang. Anne skal dele værelse med hr. Dussel, og hun kommer ikke altid sammen med ham. Den tilføjede person gør livet meget vanskeligere i det lille rum.
Anne bliver deprimeret og ensom. Hun kæmper med sit forhold til sin mor og kan ikke altid tale med sin søster. Som mange teenagere gør, føler Anne sig misforstået og meget ensom. Hendes ensomhed forstærkes, fordi hun er så isoleret med kun de samme få mennesker som selskab, dag ud og dag ind.
Anne og Peter Van Daan indleder et venskab, der udvikler sig til mere. Begge unge er meget ensomme og finder trøst i hinanden. Anne indser senere, at hun måske har tilladt tingene at udvikle sig for meget med Peter, og ser, at han elsker hende mere, end hun elsker ham. Alligevel er deres forbindelse vigtig for Anne, fordi det giver hende tiltrængt trøst i en umuligt svær tid.
Lageret under Secret Annexe er brudt ind. Politiet kommer for at undersøge og finder næsten indgangen til deres skjulested. Fordi de ikke kan bruge vandet på grund af støj, har beboerne i det hemmelige anneks brug for at bruge en papirkurv som kammerpotte. Alle skal forblive stille og stille i lang tid for at undgå at blive fundet.
Anne og resten af de skjulte hører nyheder fra venner og radio om Gestapo, der foretager anholdelser og tager mange mennesker væk i de besatte lande. De anholdte sendes til forskellige lejre i Tyskland og bliver sjældent hørt fra igen. "Grøntsagsmanden" nede på gaden, som leverede produkter til dem, bliver anholdt for at have gemt to jøder. The Secret Annexe modtager endnu mindre mad end før.
Annes dagbog slutter brat efter et filosofisk indlæg om Annes indre og ydre karakter. Deres skjulested er opdaget! Gestapo kommer til det hemmelige anneks og tager frankerne, Van Daans og hr. Drussel væk. Vi lærer af efterordet, at hr. Frank var den eneste person i det hemmelige anneks, der overlevede. Tidsskrifterne og notesbøgerne i Annes håndskrift blev senere udgivet som Het Achterhuis (Det hemmelige anneks).
Tjek andre lektionsplaner om historie og litteratur under Anden Verdenskrig og Holocaust